Według mnie wszystko zależy od konfiguracji systemów. Który będzie lepiej skonfigurowany do twoich potrzeb(oraz zgodny z specyfikacją sprzętową itp) ten będzie działał szybciej. Osobiście wolę debiana - przy instalacji wybieram sobie co chcę mieć, mam większą kontrolę nad pakietami, a w fedorze instaluje się wszystko za koleją, nie ma wyboru